Thủy ngân(II) iodua được sử dụng trong hóa học phân tích để chuẩn bị thuốc thử Nessler (dung dịch kali iodua thủy ngân kiềm) được sử dụng để phát hiện sự có mặt của amonia.
Trong thú y, iod nhũ tương thủy ngân(II) iodide được sử dụng trong thuốc mỡ bôi bỏng rộp trong bệnh lồi xương, phồng túi hoạt dịch,…
Thủy ngân(II) iodide là một chất bán dẫn, được sử dụng trong một số thiết bị phát hiện tia X và tia gamma hoạt động ở nhiệt độ phòng