Thủy ngân clorua được sử dụng trong bảo quản gỗ và tiêu bản giải phẫu; ướp xác; hóa nâu và ăn mòn thép và sắt; bộ tăng cường trong nhiếp ảnh; bộ khử cực cho pin khô; nhôm mạ điện; chất nhuộm cho lông thỏ và lông hải ly; làm thuốc thử trong hóa học phân tích; dùng để sản xuất các hợp chất Hg khác; để giải phóng vàng khỏi chì; trong các photogram ma thuật; nhuộm màu hồng ngà của gỗ và thực vật; thuốc: thuốc sát trùng tại chỗ, thuốc sát trùng; thuốc (bác sĩ thú y): ăn da, chất khử trùng, chất khử trùng.
Ứng dụng chính của thủy ngân(II) chloride là làm chất xúc tác cho quá trình acetylen (C2H2) biến đổi thành vinyl chloride (C2H3Cl), tiền thân của polyvinyl chloride:
- C2H2 + HCl → CH2=CHCl