Thủy ngân thiocyanate có một số ứng dụng trong tổng hợp hóa học. Nó là tiền thân của kali tris(thiocyanato)mercurate (II) (K[Hg(SCN)3]) và cesium tris(thiocyanato)mercurate (II) (Cs[Hg(SCN)3]).
Các phản ứng của nó với halogenua hữu cơ tạo ra hai sản phẩm, một sản phẩm có lưu huỳnh liên kết với hợp chất hữu cơ và một với nitơ liên kết với hợp chất hữu cơ.
Thủy ngân thiocyanate có thể cải thiện giới hạn phát hiện trong việc xác định các ion clorua trong nước bằng phương pháp UV-VIS. Kỹ thuật này lần đầu tiên được đề xuất vào năm 1952 và đã là một phương pháp phổ biến để xác định ion clorua trong các phòng thí nghiệm trên toàn thế giới kể từ đó. Cơ chế cơ bản liên quan đến việc thêm thủy ngân thiocyanat vào dung dịch có nồng độ ion clorua chưa biết và sắt làm thuốc thử. Các ion clorua làm cho muối thủy ngân thiocyanat phân ly và ion thiocyanat liên kết với Fe (III), hấp thụ mạnh ở bước sóng 450 nm. Sự hấp thụ này cho phép đo nồng độ của phức chất sắt. Giá trị này cho phép người ta tính được nồng độ của clorua.
Thủy ngân thiocyanate trước đây được sử dụng trong pháo hoa gây ra hiệu ứng được gọi là con rắn của Pharaoh. Khi hợp chất có mặt của một nguồn nhiệt đủ mạnh, phản ứng tỏa nhiệt tạo ra một khối lượng lớn chất rắn giống như rắn.