Thủy ngân axetat được sử dụng làm thuốc thử để tạo ra các hợp chất thủy ngân hữu cơ từ các tiền chất hữu cơ không bão hòa. Nó cũng được sử dụng cho các phản ứng hấp thụ oxy.
Một công dụng nổi tiếng của Hg(OAc)2 là trong quá trình tổng hợp Idoxuridine.