Metyl mercaptan được sử dụng để tạo mùi cho khí tự nhiên. Methyl mercaptan đã được báo cáo là không còn được chấp nhận làm chất tạo mùi cho khí đốt tự nhiên, nhưng vẫn được sử dụng tương tự trong một số loại khí độc hại và không mùi.
Nó cũng có vai trò là chất xúc tác
Metyl mercaptan tham gia vào sản xuất nhiên liệu máy bay, thuốc trừ sâu, thuốc diệt nấm, chất dẻo; tổng hợp methionine